Avaliação da afinidade molecular de constituintes químicos de Genipa americana L. (Rubiaceae) na inibição de alvos do sars-cov-2

Abstract

RESUMO: O coronavírus é um vírus envelopado da família dos Coronaviridae e com um genoma de RNA de fita simples de sentido positivo. Com o aumento do número de pacientes infectados em todo o mundo, a COVID-19 levou a OMS a declarar um estado de emergência de saúde global para coordenar os esforços científicos e médicos e desenvolver rapidamente uma cura para os pacientes. Ainda não há medicamentos de total eficácia contra o novo coronavírus, sendo os produtos naturais promissores como fonte de novas moléculas que possam ter ação farmacológica contra a COVID-19. Entre esses produtos naturais podemos citar a Genipa americana L. (Rubiaceae), conhecida popularmente como “jenipapo”, encontrado na região Nordeste e em outras regiões do Brasil, como também em outros países. O objetivo deste trabalho é identificar moléculas candidatas contra esse vírus e utilizar um estudo computacional por docagem molecular para rastrear os compostos químicos presentes em G. americana L que possam funcionar como inibidores da proteína Spike da COVID-19. Foi feita uma busca em banco de dados de artigos científicos para selecionar moléculas da planta G. americana e as estruturas foram adquiridas na base de dados (Pubchem). Os resultados deste trabalho foram obtidos um total de 232 docagens moleculares testadas com 58 ligantes com três proteínas (Spike, ECA2, e a Mpro), sendo considerados os melhores resultados com energias de ligação menores que -7.9 kcal.mol-1, os melhores resultados foram os compostos Shanzhiside com energia de -9.1 Kcal. mol, Quercetin -9.0 kcal.mol-1 com a proteína Spike. Pretende-se realizar outras análises in-silico e in vitro com essas moléculas.__ABSTRACT: The coronavirus is an enveloped virus of the Coronaviridae family and with a positive-sense singlestranded RNA genome. With the number of infected patients increasing worldwide, COVID-19 prompted the WHO to declare a state of global health emergency to coordinate scientific and medical efforts and quickly develop a cure for patients. There are still no drugs of full effectiveness against the new coronavirus, and natural products are promising as a source of new molecules that may have pharmacological action against COVID-19. Among these natural products we can mention the Genipa americana L. (Rubiaceae), popularly known as "jenipapo", found in the Northeast region and in other regions of Brazil, as well as in other countries. The objective of this work is to identify candidate molecules against this virus and to use a computational study by molecular docking to track the chemical compounds present in G. americana L that may function as inhibitors of the COVID-19 Spike protein. The geometry of the complex was calculated using the Gaussian 09 program, the docking was performed with the Autodock Tools and Autodock Vina program, to obtain the amino acids, LigPlus was used and to obtain the 3D images, the Chimera v.13.1 software. A search was made in a database of scientific articles to select molecules of the G. americana plant and the structures were acquired in the database (Pubchem). The results of this work were obtained a total of 232 molecular docks tested with 58 ligands with three proteins (Spike, ECA2, and Mpro), being considered the best results with binding energies lower than -7.9 kcal.mol-1, the best results were the Shanzhiside compounds with energy of -9.1 Kcal. mol, Quercetin -9.0 kcal.mol-1 with Spike protein. It intended to perform further in-silic and in vitro analyses with these molecules.