Identificação e análise computacional de função de RNAS longos não-codificantes em carcinoma peniano HPV-positivo

COSTA, Carla Daniele Cutrim da

Use este identificador para citar ou linkar para este item: http://hdl.handle.net/123456789/7774

Registro completo de metadados

Campo DC	Valor	Idioma
dc.contributor.author	COSTA, Carla Daniele Cutrim da	-
dc.date.accessioned	2024-08-21T12:00:12Z	-
dc.date.available	2024-08-21T12:00:12Z	-
dc.date.issued	2022-12-21	-
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/123456789/7774	-
dc.description	ABSTRACT Penile cancer (CaPe) is a rare tumor in developed countries, but in Brazil there is a high incidence of the disease, Maranhão being one of the states with the highest frequency in the country. Despite this, there are relatively few genetic studies on this pathology, mainly in relation to alterations in the number of copies (CNAs) in long non-coding RNAs (lncRNAs) genes. Thus, the objective of this work was to investigate, by an in silico approach, lncRNAs identified in cytobands affected by CNAs and their potential involvement in penile carcinogenesis. CNA data from 28 penile tumors were obtained from previous studies by our research group, which used the array-Comparative Genomic Hybridization (aCGH) technique to characterize global genomic alterations in this carcinoma. The lncRNAs identified in regions with CNAs were compared to those described in HPV-associated tumors using cBioPortal data. The lncRNA-microRNA (miRNA) and lncRNA-ceRNA interactions by CLIP-seq and RNA- seq (p<0.05) were obtained using the DIANA-LncBase platform. Genes regulated by miRNAs were obtained from the TarBase v.8 platform (miTG>0.9). In silico validation of the interaction between lncRNAs-miRNAs was performed using the RNA22 v.2 program. Molecular pathways were identified using miRPath v.3 (Fisher's exact test, p<0.05 and MicroT threshold>0.8), based on lncRNA-miRNA-gene interactions. We identified 379 lncRNA genes present in cytobands affected by CNAs, of which KIAA0125, LINCC00221 and LINC00226 are affected by amplification in 100% of the samples. Target prediction revealed that 11 miRNAs are potentially regulated by these three lncRNAs, participating in nine major signaling pathways: lysine degradation, miRNAs in cancer, glioma, junction-adherence, choline metabolism in cancer, ECM-receptor interaction, pluripotency of stem cells, O-glycan type mucin biosynthesis and keratan sulfate biosynthesis. Therefore, we provide new molecular data involved in penile carcinogenesis, which can be further validated as biomarkers for this pathology.	pt_BR
dc.description.abstract	RESUMO O câncer de pênis (CaPe) é um tumor raro em países desenvolvidos, mas no Brasil há uma alta incidência da doença, sendo o Maranhão um dos estados com a maior frequência no país. Apesar disso, são relativamente poucos os estudos genéticos sobre essa patologia, principalmente em relação a alterações no número de cópias (CNAs) em genes de RNAs longos não-codificantes (lncRNAs). Dessa forma, o objetivo deste trabalho foi investigar por uma abordagem in sílico, lncRNAs identificados em citobandas afetadas por CNAs e o seu potencial envolvimento na carcinogênese peniana. Dados de CNAs de 28 tumores penianos foram obtidos de estudos anteriores de nosso grupo de pesquisa, que utilizou a técnica de array-Comparative Genomic Hybridization (aCGH) para caracterizar alterações genômicas globais nesse carcinoma. Os lncRNAs identificados nas regiões com CNAs foram comparados àqueles descritos em tumores associados a HPV, utilizando dados do cBioPortal. As interações lncRNA-microRNA (miRNA) e lncRNA-ceRNA por CLIP-seq e RNA-seq (p<0,05) foram obtidas por meio da plataforma DIANA-LncBase. Os genes regulados pelos miRNAs foram obtidos na plataforma TarBase v.8 (miTG>0,9). A validação in sílico da interação entre lncRNAs-miRNAs foi realizada utilizando o programa RNA22 v.2. As vias moleculares foram identificadas usando miRPath v.3 (teste Exato de Fisher, p<0,05 e MicroT threshold>0,8), com base nas interações lncRNA-miRNA-gene. Identificamos 379 genes de lncRNAs presentes em citobandas afetadas por CNAs, dos quais KIAA0125, LINCC00221 e LINC00226 são afetados por amplificação em 100% das amostras. A predição de alvos revelou que 11 miRNAs são potencialmente regulados por esses três lncRNAs, participando de nove principais vias de sinalização: degradação de lisina, miRNAs em câncer, glioma, junção-aderência, metabolismo de colina em câncer, interação ECM-receptor, pluripotência de células-tronco, biossíntese de mucinas tipo O-glicano e biossíntese de sulfato de queratan. Sendo assim, disponibilizamos novos dados moleculares envolvidos na carcinogênese peniana, os quais podem ser posteriormente validados como biomarcadores para essa patologia.	pt_BR
dc.language.iso	other	pt_BR
dc.publisher	Universidade Federal do Maranhão	pt_BR
dc.subject	câncer de pênis;	pt_BR
dc.subject	LncRNAs;	pt_BR
dc.subject	papilomavírus humano.	pt_BR
dc.subject	human papillomavirus;	pt_BR
dc.subject	LncRNAs;	pt_BR
dc.subject	penile cancer.	pt_BR
dc.title	Identificação e análise computacional de função de RNAS longos não-codificantes em carcinoma peniano HPV-positivo	pt_BR
dc.title.alternative	Identification and computational analysis of function of long non-coding RNAs in HPV-positive penile carcinoma	pt_BR
dc.type	Other	pt_BR
Aparece nas coleções:	TCCs de Graduação em Ciências Biológicas (Licenciatura) do Campus do Bacanga

Arquivos associados a este item:

Arquivo	Descrição	Tamanho	Formato
CARLADANIELECUTRIMDACOSTA.pdf	Trabalho de Conclusão de Curso	1,95 MB	Adobe PDF	Visualizar/Abrir

Mostrar registro simples do item Visualizar estatísticas