Identificação e análise computacional de função de RNAS longos não-codificantes em carcinoma peniano HPV-positivo

Abstract

RESUMO

O câncer de pênis (CaPe) é um tumor raro em países desenvolvidos, mas no Brasil há uma alta incidência da doença, sendo o Maranhão um dos estados com a maior frequência no país. Apesar disso, são relativamente poucos os estudos genéticos sobre essa patologia, principalmente em relação a alterações no número de cópias (CNAs) em genes de RNAs longos não-codificantes (lncRNAs). Dessa forma, o objetivo deste trabalho foi investigar por uma abordagem in sílico, lncRNAs identificados em citobandas afetadas por CNAs e o seu potencial envolvimento na carcinogênese peniana. Dados de CNAs de 28 tumores penianos foram obtidos de estudos anteriores de nosso grupo de pesquisa, que utilizou a técnica de array-Comparative Genomic Hybridization (aCGH) para caracterizar alterações genômicas globais nesse carcinoma. Os lncRNAs identificados nas regiões com CNAs foram comparados àqueles descritos em tumores associados a HPV, utilizando dados do cBioPortal. As interações lncRNA-microRNA (miRNA) e lncRNA-ceRNA por CLIP-seq e RNA-seq (p<0,05) foram obtidas por meio da plataforma DIANA-LncBase. Os genes regulados pelos miRNAs foram obtidos na plataforma TarBase v.8 (miTG>0,9). A validação in sílico da interação entre lncRNAs-miRNAs foi realizada utilizando o programa RNA22 v.2. As vias moleculares foram identificadas usando miRPath v.3 (teste Exato de Fisher, p<0,05 e MicroT threshold>0,8), com base nas interações lncRNA-miRNA-gene. Identificamos 379 genes de lncRNAs presentes em citobandas afetadas por CNAs, dos quais KIAA0125, LINCC00221 e LINC00226 são afetados por amplificação em 100% das amostras. A predição de alvos revelou que 11 miRNAs são potencialmente regulados por esses três lncRNAs, participando de nove principais vias de sinalização: degradação de lisina, miRNAs em câncer, glioma, junção-aderência, metabolismo de colina em câncer, interação ECM-receptor, pluripotência de células-tronco, biossíntese de mucinas tipo O-glicano e biossíntese de sulfato de queratan. Sendo assim, disponibilizamos novos dados moleculares envolvidos na carcinogênese peniana, os quais podem ser posteriormente validados como biomarcadores para essa patologia.