Potencial dos constituintes químicos de Pterodon emarginatus na inibição das proteínas de entrada celular do SARS-CoV-2: Um estudo computacional

Abstract

RESUMO: O emprego de plantas com fins medicinais é uma das mais antigas formas para tratamento, cura, e prevenção de doenças, ela é a principal ou única matéria prima para elaboração de medicamentos, sendo alvo de estudos para ações farmacológicas contra o novo coronavírus (SARSCoV-2). Entre essas espécies naturais destacamos a Pterodon emarginatus, conhecida popularmente como sucupira. Com a pesquisa, temos como objetivo realizar um estudo computacional sobre o potencial dos constituintes químicos de Pterodon emarginatus na inibição das proteínas de entrada celular dos SARS-CoV-2. Quanto a metodologia, é realizada através da seleção de compostos orgânicos e constituintes químicos da P. emarginatus com a plataforma PubChem, e a retirada das proteínas do coronavírus (6vxx, 6lu7, 1R42n, Receptor5) do banco de dados PDB. A docagem molecular consiste no uso dos programas Autodock Tools 1.5.6, e a obtenção do cálculo através do Autodock Vina. A otimização dos compostos é calculada no programa Gaussian 09, e o LigPlus na obtenção dos aminoácidos por ligações de hidrogênio. Para a obtenção da estrutura em 3D das proteínas e ligantes utilizamos o programa Chimera v. 13.1. o mesmo responsável pela remoção de todas as moléculas de água e íons da proteína. Foram usados 44 compostos, com quatro proteínas dando um total de 176 docagens, sendo o melhor resultado obtido do composto Acetoxyvouacapane encontrada no óleo das sementes, com uma energia de ligação -9.6 Kcal/mol e Lupeol encontrado na casca com energia de -9.1Kcal/mol. Os óleos essenciais da planta possuem efeitos inibidores que são caracterizados pela presença de substancias terpenóides; podem ser explorados para a obtenção de compostos bioativos, buscando novos caminhos para o controle e tratamento de diversas doenças.